Con el inició del proceso democrático en 1990, antecedido por la derrota electoral del Frente Sandinista en ese mismo año, se inicia un arduo proceso de negociaciones políticas que procura entre otros aspectos sentar las bases jurídicas para comenzar a ejercer un efectivo control civil sobre las fuerzas armadas de Nicaragua y para definir el carácter nacional y no partidario de éstas. Como resultado de las negociaciones entre el gobierno saliente y el que presidiría doña Violeta Barrios de Chamorro se firma el Protocolo de Transición en marzo de 1990 mediante el cual se contempla el respeto a la institucionalidad del ejército y la subordinación de éste al Presidente de la República.
La tesis promovida por los extremos de que en una elección "el que gana lo gana todo, y quien pierde pierde todo" no prosperó, y desde la firma de este protocolo, las fuerzas políticas -no sin fuertes contradicciones- por un lado aceptaban la institucionalidad y existencia del ejército, y se daban a la tarea de proponer y negociar las regulaciones jurídicas necesarias para garantizarlas, y por el otro las fuerzas armadas entendían la necesidad de aceptar el nuevo poder y de iniciar su readaptación a la nueva situación y al nuevo régimen. De allí en adelante, el complejo proceso de profesionalización, subordinación al poder civil, reducción de efectivos y presupuesto del ejército no tuvo resistencias irreconciliables, y conscientes de lo justo y necesario para la estabilidad del país las mismas fuerzas armadas lo asumieron como propio.
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